Atualmente o Yeti (Yeti v2.0.17, Maya 2016 SP6) não está suportando Render Layer com Shader diferente aplicado diretamente no Hair, funciona apenas na Render View, já no modo Batch Render ele sempre vai considerar o shader que está no masterlayer. Solução, no vray, basta manter apenas um shader aplicado no hair e neste shader adicionar o atributo do vray ‘V-Ray material override’, ele vai criar diversas opções de override no material, agora apenas conecte o outro shader na opção ‘V-ray Material’ e faça um override padrão do Maya ‘ligar/desligar’ no Render Layer que deseja renderizar o Shader diferente.
ah.! esta foi uma dica do Igor, ele já tinha passado por este problema.
abs